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| 簡介(Introduction) |
| Chime是一套搭配瀏覽器來觀察化學結構的軟體，它是根據RasMol軟體所建立的，所以其功能都跟RasMol一樣，也可以說算是RasMol的瀏覽器版。當網頁上按插(Plug-In)此軟體後，就可以利用瀏覽器在網頁上直接觀察、旋轉、縮放...等 |
| 安裝(Install) |
首先，要現在該網站註冊。之後，下載自己作業系統的版本，現在直提供Windows和Macintosh兩種，而且在Windows和Macintosh版本，不支援Netscape
6.0以上的瀏覽器。如果按裝完成的話，按下此連結 ，就可以看到一個DNA雙股螺旋的結構。
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| 檢視與操作(View and Control) |
| 當在網頁上看到化學結構時，可以簡單的利用滑鼠移動來操控，或是利用滑鼠右鍵來作進一步的檢視。下面將介紹在網頁上如何使用Chime。 |
| 滑鼠操控(Mouse Control) |
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| Action |
Windows |
Macintosh |
| MENU |
Right |
Hold
Down |
| Rotate
X,Y |
Left |
Unmodified |
| Translate
X,Y |
Ctrl-Right |
Command |
| Rotate
Z |
Shift-Right |
Shift-Command |
| Zoom |
Shift-Left |
Shift |
| Slab Plane* |
Ctrl-Left |
Ctrl |
* Slab Plane行為要先選擇[MENU]→[Options]→[Slab Mode]後，才可以使用。
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| 選單(MENU) |
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1 |
檔案相關選項 |
2 |
編輯相關選項 |
3 |
將結構轉換成平面(立體)結構 |
4 |
動畫選項 |
5 |
結構旋轉選項 |
6
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結構表現選項 |
7 |
額外設定選項 |
8 |
顏色設定選項 |
9 |
Sculpt Mode
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10 |
選擇相關選項 |
11 |
滑鼠相關選項 |
12 |
關於Chime |
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1 |
將網頁上的結構儲存下來 |
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1 |
將結構複製 |
2 |
將該網頁上的Chime語法複製 |
3 |
貼上 |
4 |
清除 |
5 |
將結構轉換到ISIS/Draw |
6 |
將結構轉換到Sculpt |
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1 |
線條來表現結構 |
2 |
圓柱來表現結構 |
3 |
球和圓柱來表現結構 |
4a |
半徑為VDW長度的球來表現結構 |
4b |
Anisotropic Temperature |
5 |
結構以骨架的形式表現 |
6 |
結構以彩帶的形式表現 |
7 |
結構以簡單線條的彩帶形式表現 |
8 |
結構以卡通的形式表現 |
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1 |
秀出氫原子 |
2 |
秀出其他分子 |
3 |
秀出氫鍵 |
4 |
秀出雙硫鍵 |
5 |
秀出線條表示的雙鍵 |
6a |
以VDW為半徑秀出用點表現的表面 |
6b |
秀出半徑為1.2A的點表面 |
7 |
以分子剖切面來表現 |
8 |
結構會有光線反射的效果 |
9 |
結構會有影子的效果 |
10 |
將分子的名稱秀出 |
11 |
將氫原子秀出來 |
12 |
以立體的形式 |
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1 |
單一色 |
2 |
顏色以原子種類來表現 |
3 |
顏色以氨基酸來表現 |
4 |
跟氨基酸很相似 |
5 |
顏色以群組來表現 |
6 |
顏色以鍊來表現 |
7 |
顏色以溫度來表現 |
8 |
顏色以二級結構來表現 |
9 |
顏色以使用者定義來表現 |
10 |
Force Palette |
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1 |
選擇全部 |
2 |
滑鼠按鈕的功能設定 |
3 |
強調所選擇出來的原子 |
4 |
反轉所選擇的原子 |
5 |
隱藏 |
6 |
改變顏色 |
7 |
改變選擇的方式 |
8 |
選擇模型 |
9 |
選擇支鏈 |
10 |
選擇殘基 |
11 |
選擇原子 |
12 |
選擇氫原子 |
| 13 |
選擇非的氫原子 |
| 14 |
選擇主體以外的原子 |
| 15 |
選擇蛋白質相關的結構 |
| 16 |
選擇核酸原子 |
| 17 |
秀出分子表面 |
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1 |
打開滑鼠控制的幫助網頁 |
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| 範例(Tutorial) |
| <Example1>改變旋轉中心 |
Step1
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按滑鼠右鍵 |
Step2
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[Select]→[Mouse
Click Action]→[Pick Center of Rotation] |
Step3
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選擇所要當中心的原子 |
. |
| <Example2>改變顏色 |
改變成某一種類顏色
Step1
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按滑鼠右鍵 |
Step2
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[Color]→[CPK] |
P.S.
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CPK顏色分類:  Nitrogen
(light blue)
 Carbon
(light grey)
 Oxygen
(red)
 Hydrogen
(white)
 Sulfur
(yellow)
 Phosphorus
(orange)
Iron
(orange)
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改變成某一個顏色
Step1
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按滑鼠右鍵 |
Step2
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[Select]→[Change
Color To]→[Purple] |
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| 相關網站(Link) |
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接下來我們將針對如何製作一個有Chime的網頁來教學.
[Build the Chime Page] |
